Wanneer je een woning koopt met Duokoop en die vervolgens wilt financieren met een hypotheek, dan wordt de marktwaarde van de woning bepaald door een beëdigd register taxateur. 

Het taxatierapport moet worden gevalideerd door het Nederlandse Woning Waarde Instituut (NWWI). Het NWWI toetst of de taxatie voldoet aan de Europese richtlijnen en biedt koper, geldverstrekker en het pensioenfonds zekerheid over de waarde van de woning en de grond.

De gevalideerde marktwaarde wordt door de geldverstrekker gebruikt om de Loan-to-Value (maximale financiering op basis van de marktwaarde) te bepalen. Sinds 2018 mag je maximaal 100% van de marktwaarde financieren. Wanneer je een bod uitbrengt op een woning dat hoger ligt dan de marktwaarde, dan moet je het verschil tussen de koopsom en de marktwaarde betalen met eigen middelen, dit bedrag kan je niet meefinancieren in je hypotheek. Of je nou wel of niet koopt met Duokoop maakt niet uit, wil je meer betalen voor een woning dan de marktwaarde, dan moet je het verschil ook bij Duokoop uit eigen middelen betalen. Duokoop is dus geen oplossing om meer te financieren dan de marktwaarde. 

Als je een woning hebt gekocht met Duokoop, staat in de eigendomsakte van de woning de grondquote (de verhouding van de grondwaarde ten opzichte van de marktwaarde van het geheel). De grondwaarde wordt vastgesteld door de taxateur, na taxatie. De grondquote is van belang als je later de grond wilt kopen. De aanvraag voor Duokoop wordt afgewezen als de grondquote berekend vanuit de koopsom meer dan 5% afwijkt ten opzichte van de gevalideerde marktwaarde.

Met Duokoop verhogen starters hun koopcapaciteit met maximaal 20%. Starters gebruiken deze extra koopcapaciteit om een (meer passende/ruimere) woning te kopen, en niet om meer geld te betalen voor een woning die al binnen bereik lag. Duokoop inzetten om een hoger bedrag te kunnen bieden is zeer onwaarschijnlijk, omdat een hoger bedrag financieren dan de marktwaarde onmogelijk is, of je nou koopt met of zonder Duokoop.